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La Navarre possède un réseau d’espaces naturels protégés, composé de 3 réserves intégrales (487 ha), 38 réserves de nature (9.171 ha), 28 espaces protégés (931 ha), 28 sites naturels d’intérêt national (931 ha), 2 espaces naturels de loisirs (459 ha), 13 espaces protégés pour les oiseaux, également appelés ZEPAS (71.805 ha), 14 espaces de protection de la faune sauvage (2.815 ha) et 3 parcs naturels.
On relève aussi la présence de deux zones humides d’importance internationale : la Lagune de Pitillas et la Lagune de las Cañas (Viana).
De plus, le gouvernement de Navarre a proposé 42 lieux d’intérêt naturel (LIC) pour leur prise en compte dans le Réseau Natura 2000, créé à l’initiative de l’Union européenne et qui a pour objectif est de préserver la biodiversité.

Parc naturel de Bardenas Reales
Il convient de mentionner en raison de leur extension et leur importance les trois parcs déclarés naturels en Navarre : Señorío de Bértiz, Urbasa-Andia et Les Bardenas Reals.
Situé sur la commune de Bertizarana, dans le nord de la Navarre, sur les rives de la Bidassoa, le Parc naturel Señorío de Bértiz s’étend sur 2 040 ha. Le parc constitue un ensemble singulier. Remarquable par son paysage, il s’agit de l’une des rares vallées de son environnement à posséder une couverture arborée complète et ininterrompue. Elle présente un haut gradient altitudinal, puisqu’en tout juste six kilomètres on dépasse les 700 mètres de dénivelé entre les rives de la Bidassoa et le pic Aizkolegi. Sa végétation et sa faune sont représentatives des vallées pré-pyrénéennes, d’influence atlantique, bien qu’il n’existe guère d’espèces endémiques.
Les chaînes d’Urbasa et d’Andía (parc naturel de 21.408 ha) se présentent comme un espace naturel doté d’un vaste ensemble de curiosités géologiques, biologiques, écologiques, esthétiques, paysagères, archéologiques et socioculturelles. Elles se dressent à l’ouest de la Navarre, à mi-chemin entre la Navarre humide du nord-ouest et la Navarre moyen occidentale ou Tierra Estella. Il s’agit d’un haut plateau où convergent le monde atlantique, qui pénètre par la face nord, et le monde méditerranéen, par le sud. Le tout forme un paysage attrayant de chênes, hêtres, chênes de Portugal, chênes verts et pâturages, que fréquente une faune précieuse par sa diversité.

Parc naturel Urbasa-Andia
Le parc est un modèle de paysage karstique. Dans ce territoire sont préservées une bonne partie des ressources en eau de la Navarre sous forme d’une grande nappe souterraine, dont le drainage naturel s’écoule à l’extérieur par des sources spectaculaires, comme la source de l’Urederra.
Les Bardenas Reales (parc naturel de 40.000 ha) constituent un vaste territoire au sud-est de la Navarre, caractérisé au plan climatologique par ses précipitations rares et torrentielles. Ses étés sont chauds, ses hivers plutôt rigoureux. La végétation est de caractère steppique et méditerranéen. L’intérêt botanique de la flore et de la faune des Bardenas est à mettre en relation avec la singularité climatique de la dépression de l’Èbre. On a jugé qu’il convenait de la faire figurer à l’Inventaire national des habitats, élaboré au titre de la directive 92/43 CEE, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage. Ce parc a été déclaré Réserve mondiale de la biosphère en 2000.
La faune est représentée par d’abondantes espèces de poissons, d’amphibies et de reptiles. Mais la présence des oiseaux marque le caractère de la zone par son importance non seulement locale mais également européenne, dans le cas du vautour percnoptère.