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Se estructura en 5 Servicios:
- Servicio de Organización y Modernización.
- Servicio de Sistemas de Información Corporativos.
- Servicio de Sistemas de Información Departamentales.
- Servicio de Seguridad de los Sistemas de Información.
- Servicio de Infraestructuras Tecnológicas y Centro de Soporte.
La Dirección General contará con una Sección de Régimen Jurídico Administrativo directamente dependiente de ella.
(Ver artículo 82 Decreto Foral 116/2007)
Las funciones y materias que corresponden a la Dirección General de Modernización y Administración Electrónica son: