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Tras la ocupación de su convento el 24 de julio de 1512 por las tropas del Duque de Alba, los frailes dominicos levantan uno nuevo en el lugar que hoy ocupa la sede del Departamento de Educación. Este lugar era despoblado y periférico, conocido por el nombre de "El Barranco". La topografia del nuevo emplazamiento era tan accidentada que ocasionará problemas arquitectónicos a la hora de su asentamiento. Dará origen a un complejo monumental descendente y escalonado a diferentes niveles.
Del edificio original se conserva el Claustro. En el siglo XVIII se le prolongaron 2 arcadas en el lado este y oeste, con lo que tienen 9 arcadas frente a las 7 que tienen los lados norte y sur. La planta baja queda con 32 arcos y la primera planta o sobreclaustro 64, sostenidos los arcos por hermosas columnas toscanas de una sola pieza.
Durante el siglo XVIII se producen dos exclaustraciones. En el año 1836 tiene lugar la última exclaustración decretada por el Gobierno de Madrid y será a partir de entonces cuando el convento pase a ser Cuartel de Infantería. Más adelante será Hospital Militar hasta que instaló su sede el Departamento de Educación del Gobierno de Navarra, según proyecto de los arquitectos Torres y Laurenz.
Este convento no sólo fue residencia de monjes sino que también tuvo un importante papel en el ámbito cultural, puesto que en el año 1613, reinando Felipe III y siendo Papa Urbano VII, se inaugura en sus dependencias una Universidad. En ella se impartían estudios de Filosofia y Teología, Derecho Civil o Leyes y Medicina. El 11 de marzo de 1771, una Real Orden de Carlos III suprimía varias universidades al no contar con el número adecuado de profesores, siendo ésta una de ellas.